Эфиопиядағы SARS-CoV-2 анықтау үшін төрт нуклеин қышқылын күшейту талдауының орындалуы

Nature.com сайтына кіргеніңіз үшін рахмет. Сіз шектеулі CSS қолдауы бар шолғыш нұсқасын пайдаланып жатырсыз. Ең жақсы тәжірибе үшін жаңартылған шолғышты пайдалануды ұсынамыз (немесе Internet Explorer шолғышында үйлесімділік режимін өшіріңіз). Оған қоса, тұрақты қолдауды қамтамасыз ету үшін біз сайтты стильсіз және JavaScriptсіз көрсетеміз.
Бірден үш слайдтан тұратын карусельді көрсетеді. Бір уақытта үш слайд арқылы жылжу үшін «Алдыңғы» және «Келесі» түймелерін пайдаланыңыз немесе бір уақытта үш слайд арқылы жылжу үшін соңында сырғытпа түймелерін пайдаланыңыз.
2019 жылғы коронавирустық ауру (COVID-19) басталғаннан бері бүкіл әлемде көптеген коммерциялық нуклеин қышқылын күшейту сынақтары (NAATs) әзірленді және стандартты талдауларға айналды. Бірнеше сынақтар тез әзірленіп, зертханалық диагностикалық сынақтарға қолданылғанымен, бұл сынақтардың өнімділігі әртүрлі параметрлерде бағаланбаған. Сондықтан бұл зерттеу Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI және Sansure Biotech талдауларының Композиттік анықтамалық стандартты (CRS) көмегімен бағалауды мақсат етті. Зерттеу Эфиопияның қоғамдық денсаулық сақтау институтында (EPHI) 2020 жылдың 1-30 желтоқсаны аралығында жүргізілді. QIAamp РНҚ шағын жинағы және Эбботт ДНҚ үлгісін дайындау жүйесі арқылы мұрын-жұтқыншақтан 164 үлгі алынды. 164 үлгінің 59,1% оң және 40,9% CRS теріс болды. Sansure Biotech позитивтілігі CRS-пен салыстырғанда айтарлықтай төмен болды (p <0,05). Sansure Biotech позитивтілігі CRS-пен салыстырғанда айтарлықтай төмен болды (p <0,05). Положительные результаты Sansure Biotech бұл CRS бойынша сравнению (p < 0,05) бойынша жақсы нәтиже береді. Sansure Biotech оң нәтижелері CRS (p <0,05) салыстырғанда айтарлықтай төмен болды.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）。与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）。 U Sansure Biotech CRS бойынша сравнению (p < 0,05) бойынша өте жақсы нәтижелерге қол жеткізді. Sansure Biotech CRS-пен салыстырғанда оң нәтижелер айтарлықтай аз болды (p <0,05).Төрт талдаудың жалпы келісімі CRS-пен салыстырғанда 96,3–100% құрады. Sansure Biotech талдауының төмен оңдылығымен қатар, төрт талдаудың өнімділігі дерлік салыстырмалы болды. Осылайша, Sansure Biotech [Research only (RUO)] талдауы оны Эфиопияда пайдалану үшін қосымша тексеруді қажет етеді. Соңында, тиісті өндірушінің талаптары бар талдауларды бағалау үшін қосымша зерттеулерді қарастыру керек.
Зертханалық тестілеу Дүниежүзілік денсаулық сақтау ұйымының (ДДҰ) 2019 жылға арналған коронавирустық ауруға (COVID-19) дайындық және әрекет ету (SPRP) стратегиялық жоспарының бөлігі болып табылады. Дүниежүзілік денсаулық сақтау ұйымы елдерге дайындықты, жағдайды дұрыс басқаруды, қырағылықты және қоғамдық денсаулық сақтау мәселелеріне жедел ден қоюды жақсарту үшін зертханалық әлеуетті арттыру қажет деп кеңес береді. Бұл жаңадан пайда болған инфекциялық қоздырғыштардың ауруы мен эпидемиологиясын сипаттау және олардың таралуын бақылау үшін зертхананың рөлі маңызды екенін көрсетеді.
COVID-19 диагнозы үшін эпидемиологиялық және медициналық ақпарат, жеке белгілер/белгілер, рентгенографиялық және зертханалық деректер2 қажет. Ухань қаласында (Қытай) COVID-19 індеті туралы хабарланғандықтан, бүкіл әлемде көптеген коммерциялық нуклеин қышқылын күшейту сынақтары (NAATs) әзірленді. Нақты уақыттағы кері транскрипциялық полимеразды тізбекті реакция (rRT-PCR) ауыр жедел респираторлық синдром 2 (SARS-CoV-2)3 инфекциясын зертханалық диагностикалау үшін әдеттегі және стандартты әдіс ретінде қолданылды. SARS-CoV-2 молекулалық анықтау әдетте ORF1a/b (ашық оқу жақтауы 1a/b) N (нуклеокапсидті ақуыз гені), E (конверттегі ақуыз гені) және RdRp (РНҚ-тәуелді РНҚ-полимераза гені) гендеріне негізделген. . ген) вирус геномынан анықталған аймақ. Олар вирусты тану үшін вирустық геномдарда кездесетін негізгі сақталған аймақтар болып саналады4. Бұл гендердің ішінде RdRp және E гендерінің аналитикалық анықтау сезімталдығы жоғары, ал N генінің аналитикалық сезімталдығы төмен5.
ПТР талдауларының өнімділігі әртүрлі факторларға байланысты өзгеруі мүмкін, мысалы: экстракция реагенттері, күшейту/анықтау реагенттері, экстракция әдісі, ПТР машинасының сапасы және басқа құралдар. 2020 жылдың сәуір айындағы жағдай бойынша, тоғыз елден 48-ден астам әртүрлі диагностикалық құрылғылар COVID-196 диагностикасы үшін төтенше жағдайда пайдалану рұқсатын (EUA) алды. Эфиопияда ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 және Quant-studio7 қоса алғанда, 26 мемлекеттік денсаулық сақтау мекемелерінде SARS-CoV-2 ПТР анықтау үшін 14-тен астам нақты уақыттағы ПТР платформалары қолданылады. Сонымен қатар, Даан Ген сынағы, Эбботт SARS-CoV-2 сынағы, Sansure Biotech сынағы және SARS-CoV-2 BGI сынағы сияқты әртүрлі ПТР сынақ жинақтары бар. rRT-ПТР жоғары сезімтал болғанымен, COVID-19 бар кейбір емделушілер дұрыс жинау, тасымалдау, сақтау және өңдеу және зертханалық сынақтардың салдарынан үлгілердегі вирустық рибонуклеин қышқылының (РНҚ) көшірмелерінің жеткіліксіз болуына байланысты жалған теріс нәтижелер туралы хабарлайды. персоналдың жағдайлары мен әрекеттері8. Бұған қоса, үлгіні немесе бақылауды дұрыс емес өңдеу, цикл шегін (Ct) орнату және басқа патогендік нуклеин қышқылдарымен немесе белсенді емес/қалдық SARS-CoV-2 РНҚ-мен айқаспалы реактивтілік rRT-PCR9 талдауларында жалған оң нәтижелерге әкелуі мүмкін. Осылайша, ПТР сынақтары шынымен де ген фрагменттерінің тасымалдаушыларын анықтай алатыны анық, өйткені олар шын мәнінде белсенді вирустық гендерді ажырата алмайды, сондықтан сынақтар пациенттерді емес, тек тасымалдаушыларды анықтай алады10. Сондықтан біздің жағдайымызда стандартты әдістерді қолдана отырып, диагностикалық өнімділікті бағалау маңызды. Көптеген NAAT реагенттері Эфиопияның қоғамдық денсаулық сақтау институтында (EPHI) және бүкіл елде қол жетімді болса да, олардың тиімділігін салыстырмалы бағалау әлі хабарланған жоқ. Сондықтан, бұл зерттеу клиникалық үлгілерді пайдалана отырып, rRT-ПТР арқылы SARS-CoV-2 анықтауға арналған коммерциялық қолжетімді жинақтардың салыстырмалы өнімділігін бағалауға бағытталған.
Бұл зерттеуге COVID-19 күдігі бар барлығы 164 қатысушы қамтылды. Үлгілердің көпшілігі емдеу орталықтарынан (118/164 = 72%), ал қалған 46 (28%) қатысушы емделмейтін орталықтардан болды. Орталықта емделмеген қатысушылардың арасында 15 (9,1%) клиникалық күдікті жағдайлар және 31 (18,9%) расталған жағдайлармен байланыста болған. Тоқсан үш (56,7%) қатысушылар ер адамдар болды, қатысушылардың орташа жасы (± SD) 31,10 (± 11,82) жасты құрады.
Бұл зерттеуде COVID-19 үшін төрт сынақтың оң және теріс көрсеткіштері анықталды. Осылайша, Abbott SARS-CoV-2 талдауының, Daan Gene 2019-nCoV талдауының, SARS-CoV-2 BGI талдауының және Sansure Biotech 2019-nCoV талдауының оң көрсеткіштері сәйкесінше 59,1%, 58,5%, 57,9% және 55,5% болды. . Композиттік анықтамалық стандарттың (CRS) оң және теріс баллдары сәйкесінше 97 (59,1%) және 67 (40,9%) болды (1-кесте). Бұл зерттеуде CRS анықтамасы «кез келген оң» ережеге негізделді, оған сәйкес төрт сынақ нәтижесінің бірдей нәтиже берген екі немесе одан да көп сынақ нәтижелері шынайы оң немесе теріс болып саналды.
Бұл зерттеуде біз CRS-пен салыстырғанда барлық талдаулар үшін 100% (95% CI 94,6–100) теріс пайыздық келісімді (NPA) таптық. Sansure Biotechnology талдауы минималды PPA 93,8% (95% CI 87,2-97,1) және Daan Gene 2019-nCoV талдауы 99,4% (95% CI 96,6-99,9) жалпы келісімді көрсетті. Керісінше, SARS-CoV-2 BGI талдауы мен Sansure Biotech 2019-nCoV талдауы арасындағы жалпы келісім сәйкесінше 98,8% және 96,3% болды (2-кесте).
Коэннің CRS және Эббот SARS-CoV-2 талдау нәтижелері арасындағы келісімнің каппа коэффициенті толығымен сәйкес болды (K = 1,00). Сол сияқты, Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI және Sansure Biotech 2019-nCoV анықтаған Коэннің каппа мәндері де CRS-ке (K ≥ 0,925) толығымен сәйкес келеді. Осы салыстырмалы талдауда хи-квадрат сынағы (МакНемар сынағы) Sansure Biotech 2019-nCoV талдау нәтижелері CRS нәтижелерінен айтарлықтай ерекшеленетінін көрсетті (p = 0,031) (2-кесте).
Суретте көрсетілгендей.1 Abbott SARS-CoV-2 талдауының ең төменгі Ct мәні (< 20 Ct) пайызы (біріктірілген RdRp және N гені) 87,6% және Sansure Biotech 2019-nCoV талдауының ORF1a/b генінің Ct мәні төмен пайыздық көрсеткішті көрсетті. Ct мәні (< 20 Ct) 50,3% және жоғары Ct мәні болды (36–40 Ct) 3,2% құрады. 1 Abbott SARS-CoV-2 талдауының ең төменгі Ct мәні (< 20 Ct) пайызы (біріктірілген RdRp және N гені) 87,6% және Sansure Biotech 2019-nCoV талдауының ORF1a/b генінің Ct мәні төмен пайыздық көрсеткішті көрсетті. Ct мәні (< 20 Ct) 50,3% және жоғары Ct мәні болды (36–40 Ct) 3,2% құрады.Суретте көрсетілгендей.1, Ct (< 20 Ct) анализі Эбботт SARS-CoV-2 (біріктірілген ген RdRp және N) 87,6%, Ct гена ORF1a/b талдауы Sansure Biotech 2019-nCoV-ге белгілі бір пайызды құрайды. (< 20 Ct) тұрақты 50,3%, және жоғары белгі Ct (36–40 Ct) тұрақты 3,2%. 1, Abbott SARS-CoV-2 (біріктірілген ген RdRp және N) талдауының ең төменгі Ct мәні (< 20 Ct) пайызы 87,6% және Sansure Biotech 2019-nCoV ORF1a/b ген талдауының Ct мәні көрсетті төмен Ct мәнінің пайызы (< 20 Ct) 50,3% құрады, ал жоғары мән Ct (36–40 Ct) 3,2% құрады.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（（< 60% Biotech. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%，高Ct 值0(36)的百分比为3,2%。 1-суретте көрсетілгендей, Эбботт SARS-CoV-2 сынағының Ct мәнінің ең төменгі пайызы (< 20 Ct) (RdRp және N генінің комбинациясы) 87,6%, Sansure Biotech 2019-nCoV сынағының ORF1a/b генінің Ct мәні төмен Ct值(< 20 Ct) 的 пайызын көрсетеді 50,3%,高Ct 值(36–40 Ct) 的 пайызы 3,2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гени RdRp и N) имел имел самое азкое процентное значение Ct (< 20 Ct) в размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b Biotech Sans19 - Анализ nCoV показал низкий Ct. 1-суретте көрсетілгендей, Abbott SARS-CoV-2 талдауы (RdRp және N гендерін біріктіретін) ең төменгі пайыздық Ct мәніне (< 20 Ct) 87,6% ие болды, ал ORF1a/b генінің Ct мәні Sansure Биотехнологиялық 2019 зерттеуі - nCoV талдауы төмен Ct көрсетті. Процент значений (< 20 Ct) 50,3%, а пайызы жоғары значений Ct (36–40 Ct) 3,2% құрады. Мәндердің пайызы (< 20 Ct) 50,3%, ал жоғары Ct мәндерінің пайызы (36–40 Ct) 3,2% болды.Эбботт SARS-CoV-2 B сынағы Ct мәндерін 30-дан жоғары тіркеді. Екінші жағынан, BGI SARS-CoV-2 талдауында ORF1a/b генінің Ct мәні жоғары (> 36 Ct) пайызы 4% болды (1-сурет). Екінші жағынан, BGI SARS-CoV-2 талдауында ORF1a/b генінің Ct мәні жоғары (> 36 Ct) пайызы 4% болды (1-сурет). BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b анализінде Ct (> 36 Ct), төмендеу пайызы 4% (1-сурет). Екінші жағынан, BGI SARS-CoV-2 генін талдау кезінде ORF1a/b жоғары Ct мәніне ие болды (> 36 Ct), оның пайызы 4% болды (1-сурет).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比%（4）（分比） Екінші жағынан, BGI SARS-CoV-2 анықтауда Ct мәні жоғары (>36 Ct) ORF1a/b генінің пайызы 4% құрайды (1-сурет). Бұл жағдайда BGI SARS-CoV-2 геновының ORF1a/b жоғары көрсеткіштері Ct (>36 Ct) 4% құрайды (1-сурет). Екінші жағынан, BGI SARS-CoV-2 талдауында Ct мәні жоғары (>36 Ct) ORF1a/b гендерінің пайызы 4% құрады (1-сурет).
Бұл зерттеуде біз 164 мұрын-жұтқыншақ үлгісін алдық. Талдаулардың барлық түрлері үшін РНҚ оқшаулау және күшейту тиісті өндірушілер ұсынған әдістер мен жинақтарды қолдану арқылы орындалды.
Бұл зерттеу Эбботттың SARS-CoV-2 сынағы CRS сияқты анықтау өнімділігін, 100% оң, теріс және жалпы сәйкестігін көрсетті. Коэннің каппа келісімі 1.00, CRS-пен толық келісімді көрсетеді. АҚШ-тағы Вашингтон университетінің ұқсас зерттеуі SARS-CoV-2 үшін Эбботт сынағының жалпы сезімталдығы мен ерекшелігі CDC зертханалық талдауымен (LDA) салыстырғанда сәйкесінше 93% және 100% екенін анықтады. . 11. Abbott SARS-CoV-2 анықтау жүйесі N және RdRp гендерін бір уақытта біріктірілген анықтауға негізделген, өйткені екі ген де сезімтал, жалған теріс мәндерді азайтады12. Венадағы (Австрия) зерттеу сонымен қатар экстракция сынамасының үлкен көлемдері мен анықтайтын элюент көлемі сұйылту әсерін азайтып, анықтау тиімділігін арттыратынын көрсетті13. Осылайша, Эбботттың SARS-CoV-2 талдауына тамаша сәйкестігі комбинаторлық гендерді бір уақытта анықтайтын, көптеген үлгілерді (0,5 мл) бөліп алатын және элюенттің көп мөлшерін (40 мкл) пайдаланатын платформаны анықтау жүйесімен байланысты болуы мүмкін.
Біздің нәтижелеріміз сонымен қатар Даан генетикалық тестінің анықтау өнімділігі CRS-пен бірдей екенін көрсетті. Бұл Қытайдың Хуайнань қаласындағы Аньхой университетінде жүргізілген зерттеуге14 және өндірушінің 100% оң келісім туралы мәлімдемесіне сәйкес келеді. Тұрақты нәтижелер туралы есептерге қарамастан, бір үлгі бірдей элюатты қайта сынағаннан кейін жалған теріс болды, бірақ Abbott SARS-CoV-2 және Sansure Biotech nCoV-2019 талдауларында оң болды. Бұл талдаудың әртүрлі түрлері бойынша нәтижелердің өзгермелі болуы мүмкін екенін көрсетеді. Соған қарамастан Қытайда15 жүргізілген зерттеуде Даан генінің талдауының нәтижесі олардың зертханада анықталған анықтамалық талдауымен салыстырғанда айтарлықтай өзгеше болды (p <0,05). Соған қарамастан Қытайда15 жүргізілген зерттеуде Даан генінің талдауының нәтижесі олардың зертханада анықталған анықтамалық талдауымен салыстырғанда айтарлықтай өзгеше болды (p <0,05). Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличалься (p < 0,05) от их лабораторного эталонного анализа. Дегенмен, Қытайдағы15 зерттеуде Даан Геннің талдау нәтижесі олардың зертханалық анықтамалық талдауынан айтарлықтай өзгеше болды (p <0,05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05）.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (p < 0,05) по сравнению с его эталонным лабораторным тестом. Дегенмен, Қытайдағы зерттеуде15, Даанның генетикалық сынағының нәтижелері оның анықтамалық зертханалық сынағымен салыстырғанда айтарлықтай өзгеше болды (p <0,05).Бұл сәйкессіздік SARS-CoV-2 анықтауға арналған анықтамалық сынақтың сезімталдығына байланысты болуы мүмкін және себебін анықтау үшін қосымша зерттеулер маңызды болуы мүмкін.
Сонымен қатар, біздің зерттеуіміз SARS-CoV-2 BGI талдауының CRS-пен салыстырмалы өнімділігін бағалады, ол тамаша оң пайыздық келісімді (PPA = 97,9%), теріс пайыздық келісімді (NPA = 100%) және жыныс бойынша жалпы пайыздық келісімді көрсетті ( OPA). ). = 98,8%). Коэннің Каппа мәндері жақсы келісімді көрсетті (K = 0,975). Нидерландыдағы16 және Қытайдағы15 зерттеулер тұрақты нәтижелер көрсетті. SARS-CoV-2 BGI сынағы 10 мкл күшейту/анықтау элюатын пайдаланатын жалғыз генді (ORF1a/b) анықтау сынағы. Анықтамалық нәтижелермен жақсы статистикалық келісімге қарамастан, талдау жалпы үлгінің екі оң үлгісін (1,22%) өткізіп алды. Бұл пациент пен қауымдастық деңгейінде берілу динамикасына үлкен клиникалық әсер етуі мүмкін.
Осы зерттеуге енгізілген тағы бір салыстырмалы талдау Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) талдауы болды; жалпы сәйкестік пайызы 96,3% құрады. Келісімнің күші Коэннің Каппа мәнімен де анықталды, ол CRS-пен толық келісімді көрсететін 0,925 болды. Тағы да біздің нәтижелер Чанша қаласындағы Орталық Оңтүстік университетінде және Қытай, Лючжоу қаласы, Лючжоу халық ауруханасының клиникалық зертханалық бөлімінде жүргізілген зерттеулермен бірдей. Жоғарыда көрсетілген жақсы статистикалық сәйкестік тіркелгеніне қарамастан, хи-квадрат сынағы (MacNemar сынағы) Sansure Biotech талдауының нәтижесі CRS (p <0,005) салыстырғанда статистикалық маңызды айырмашылыққа ие екенін көрсетті. Жоғарыда көрсетілген жақсы статистикалық сәйкестік тіркелгеніне қарамастан, хи-квадрат сынағы (MacNemar сынағы) Sansure Biotech талдауының нәтижесі CRS (p <0,005) салыстырғанда статистикалық маңызды айырмашылыққа ие екенін көрсетті. Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, оның нәтижесі Sansure Biotech имеет статистические значимое различие сравненное CRS <05). Жоғарыда жақсы статистикалық келісім тіркелгенімен, хи-квадрат сынағы (МакНемар сынағы) Sansure Biotech талдауының нәтижесі CRS (p <0,005) салыстырғанда статистикалық маңызды айырмашылыққа ие екенін көрсетті.尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，Sansure Biotech相比具有统计学显着差异＂(p <0,005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明朣测 biotech ， ，与 crs 相比 具有 显着 （（(p <0,005。。。。。。。。。。。。。。。。。。. Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал статистические значимую разницу (p < 0,005) арасындағы талдау Sansure Biotech және CRS. Жоғарыда айтылған жақсы статистикалық келісімге қарамастан, хи-квадрат сынағы (МакНемар сынағы) Sansure Biotech талдауы мен CRS арасында статистикалық маңызды айырмашылықты (p <0,005) көрсетті.CRS-пен салыстырғанда алты үлгі (3,66%) жалған теріс болып табылды (1-қосымша кесте); бұл өте маңызды, әсіресе вирустың берілу динамикасын ескере отырып. Жоғарыдағы деректер де осы төмен анықтау жылдамдығын қолдайды15.
Бұл зерттеуде Abbott SARS-CoV-2 талдауында хабарланған ең төменгі орташа Ct мәні бар әрбір талдау және сәйкес платформа үшін Ct мәндері анықталды. Бұл нәтиже Эбботтың SARS-CoV-2 анықтауға арналған бір мезгілде біріктірілген генетикалық тестілеу жүйесіне қатысты болуы мүмкін. Сондықтан, 1-суретке сәйкес, Abbott SARS-CoV-2 нәтижелерінің 87,6% Ct мәндері 20-дан төмен болды. Үлгі нәтижелерінің аз ғана саны (12,4%) 20-30 диапазонында болды. 30-дан жоғары Ct мәндері тіркелмеді. Эбботттың SARS-CoV-2 панелінің генетикалық тестілеу пішімін пайдалануына қоса, бұл нәтиже анықтаудың төменгі шегіне (32,5 РНҚ көшірмелері/мл)18 қатысты болуы мүмкін, бұл компанияның 100 РНҚ көшірмесінің төменгі шегінен үш есе төмен. /мл. мл)19.
Бұл зерттеудің кейбір шектеулері бар: біріншіден, ресурстардың жетіспеушілігіне байланысты бізде стандартты/анықтамалық әдістер [мысалы, вирустық жүктеме немесе басқа зертханалық сынақтар (LDA)] жоқ. Екіншіден, осы зерттеуде пайдаланылған барлық үлгілер мұрын-жұтқыншақ жағындылары болды, ал нәтижелер басқа үлгі түрлеріне қолданылмайды, үшіншіден, біздің үлгі өлшеміміз аз болды.
Бұл зерттеу мұрын-жұтқыншақ үлгілерін пайдаланып SARS-CoV-2 үшін төрт rRT-ПТР талдауының өнімділігін салыстырды. Sansure Biotech талдауын қоспағанда, барлық анықтау талдауларының салыстырмалы өнімділігі болды. Сонымен қатар, CRS-пен салыстырғанда Sansure Biotech талдауында оңдылықтың төмен деңгейі анықталды (p <0,05). Сонымен қатар, CRS-пен салыстырғанда Sansure Biotech талдауында оңдылықтың төмен деңгейі анықталды (p <0,05). Кроме того, Sansure Biotech тестінде CRS-тің сравненюі бойынша төмен пайыздық нəтижелері жоғары болды (p < 0,05). Сонымен қатар, Sansure Biotech тесті CRS-пен салыстырғанда оң нәтижелердің төмен пайызын көрсетті (p <0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p <0,05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p <0,05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более азкий уровень положительных результатов бойынша сравнению CRS (p < 0,05). Сонымен қатар, Sansure Biotech талдауының CRS-пен салыстырғанда оңдылық көрсеткіші төмен болды (p <0,05).Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) PPA, NPA және жалпы келісімнің талдауы 93,5%-дан асты, Коэн Каппа келісімінің күші 0,925 болды. Соңында, Sansure Biotech Assay (RUO) Эфиопияда пайдалану үшін қосымша тексеруді қажет етеді және жеке өндірушілердің шағымдарын бағалау үшін қосымша зерттеулерді қарастыру керек.
Салыстырмалы зерттеу жобасы Аддис-Абебадағы төрт денсаулық сақтау мекемесінде, Эка Котебе ауруханасында, Мыңжылдық шіркеуінің емдеу орталығында, Зевудиту мемориалдық ауруханасында және Әулие Петрдің туберкулезге қарсы мамандандырылған ауруханасында жүргізілді. Деректер 2020 жылдың 1 мен 31 желтоқсаны аралығында жиналды. Бұл зерттеуге арналған медициналық мекемелер ауру санының көптігіне және қаладағы негізгі емдеу орталықтарының болуына байланысты мақсатты түрде таңдалды. Сол сияқты, ABI 7500 және Abbott m2000 нақты уақыттағы ПТР құралдарын қоса алғанда, құралдар NAAT реагент өндірушілерінің ұсынымдарына сәйкес таңдалды және осы зерттеу үшін төрт ПТР анықтау жинағы таңдалды, өйткені Эфиопиядағы көптеген зертханалар кем дегенде пайдаланды олардың төртеуі. Ген сынағы, Эбботт SARS-CoV-2 сынағы, Sansure Biotech сынағы және зерттеу барысында орындалған SARS-CoV-2 BGI сынағы).
SARS-CoV-2 сынағы 2020 жылдың 1-30 желтоқсаны аралығында EPHI-ге сілтеме жасалған COVID-19 үшін тергеу жүргізіліп жатқан адамдардан 3 мл вирустық тасымалдау ортасын (VTM) (Miraclean Technology, Шэньчжэнь, Қытай) қолдану арқылы жүргізілді. Мұрын-жұтқыншақ сынамаларын оқытылған сынама жинаушылар жинап, үш еселік пакеттерде EPHI-ге жіберді. Нуклеин қышқылын оқшаулау алдында әрбір үлгіге бірегей сәйкестендіру нөмірі беріледі. Экстракция әр үлгіден қолмен және автоматты экстракция әдістерімен келгеннен кейін дереу орындалады. Осылайша, Abbott m2000 автоматты экстракциясы үшін әрбір үлгіден 1,3 мл (оның ішінде 0,8 мл өлі көлем және 0,5 мл экстракцияға кіріс көлемі) сынама алынып, Абботт ДНҚ үлгісін дайындау жүйесі арқылы (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, АҚШ). ) 96 пакет [92 үлгі, екі анықтауды басқару және екі үлгілік емес басқару (NTC)] нақты уақытта SARS-CoV-2 (EUA) екі раундының жалпы процесіне (іздеу және анықтау) қосылды. тау-кен. Сол сияқты, қолмен алу үшін бірдей үлгілерді пайдаланыңыз (автоматты түрде алу және табу үшін). Осылайша, бүкіл процесс барысында 140 мкл үлгілер QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Германия) арқылы 24 топтамамен (20 үлгіні, екі талдауды бақылауды және екі NTC қоса алғанда) тоғыз раунд бойына аликвацияланды және экстракцияланды. Қолмен алынған элюаттар SARS-CoV-2 BGI талдауы, Daan Gene талдауы және Sansure Biotech талдауы арқылы ABI 7500 термиялық циклі арқылы күшейтілді және анықталды.
SARS-CoV-2 вирустық РНҚ-ны автоматтандырылған оқшаулау және тазарту Эбботт ДНҚ үлгісін дайындау реагенттерін пайдалана отырып, магниттік моншақ принципін сақтайды. Сынамаларды инактивациялау және вирустық бөлшектерді еріту ақуызды денатурациялау және RNase-ны инактивациялау үшін құрамында гуанидин-изотиоцианаты бар жуғыш затты қолдану арқылы жүзеге асырылады. Содан кейін РНҚ кремний диоксиді, яғни гуанидиний тұзы және лизис буферінің сілтілі рН нуклеин қышқылдарының кремний диоксидімен (SiO2) байланысуына ықпал ететін қатты фазаны бөлу арқылы ақуыздан бөлінеді. Шаю қадамы таза ерітінді алу үшін қалған ақуыздар мен қоқысты жояды. Мөлдір РНҚ кремний диоксиді негізіндегі микробөлшектерден құралдың магнит өрісі арқылы бөлініп алынады20,21. Екінші жағынан, РНҚ-ны қолмен оқшаулау және тазарту магниттік стендтің орнына центрифугалауды және элюенттен микробөлшектерді бөлуді пайдалана отырып, спиндік баған әдісімен жүзеге асырылады.
Abbott Real-Time SARS-CoV-2 анықтау сынағы (Abbott Molecular, Inc.) ДДҰ мен FDA-дан EUA19,22 алған өндірушінің нұсқауларына сәйкес орындалды. Бұл хаттамада экстракция алдында үлгіні инактивациялау 56 °C су моншасында 30 минут бойы жүргізілді. Вирус инактивациясынан кейін нуклеин қышқылының экстракциясы Abbott m2000 SP құралында Abbott m2000 ДНҚ үлгісін дайындау жүйесін пайдаланып 0,5 мл VTM құрылғысында орындалды. өндірушіге сәйкес. Күшейту және анықтау Abbott m2000 RT-PCR құралы арқылы орындалды және RdRp және N гендері үшін қосарлы анықтау орындалды. ROX) және VIC P (меншікті бояғыш) екі күшейту өнімдерін бір уақытта анықтауға мүмкіндік беретін ішкі бақылауларды анықтауға және анықтауға арналған 19 .
Бұл жинақтың күшейтуді анықтау әдісі бір сатылы RT-PCR технологиясына негізделген. ORF1a/b және N гендері мақсатты аймақты күшейтуді анықтау үшін Daan Gene Technology арқылы сақталған аймақтар ретінде таңдалды. Арнайы праймерлер мен флуоресцентті зондтар (FAM белгісі бар N гендік зондтар, VIC белгісі бар ORF1a/b зондтары) үлгілерде SARS-CoV-2 РНҚ анықтауға арналған. Соңғы элюент пен негізгі қоспалар 25 мкл соңғы көлемге 20 мкл негізгі қоспаға 5 мкл элюент қосу арқылы дайындалды. Күшейту және анықтау ABI 750024 нақты уақыттағы ПТР құралында бір уақытта орындалды.
ORF1a/b және N гендері Sansure Biotech nCoV-2019 нуклеин қышқылының диагностикалық жинағы (флуоресцентті ПТР анықтау) көмегімен анықталды. ORF1a/b аймағы үшін FAM арнасын және N гені үшін ROX арнасын таңдау арқылы әрбір мақсатты ген үшін арнайы зондтарды дайындаңыз. Бұл талдау жинағына элюент және негізгі араластырғыш реагенттер келесідей қосылады: анықтау/күшейтуге арналған 30 мкл негізгі қоспа реагентін және 20 мкл элюцияланған үлгіні дайындаңыз. Нақты уақыттағы ПТР ABI 750025 күшейту/анықтау үшін пайдаланылды.
SARS-CoV-2 BGI сынағы - бұл COVID-19 диагностикасына арналған флуоресцентті нақты уақыттағы rRT-PCR жинағы. Мақсатты аймақ SARS-CoV-2 геномының ORF1a/b аймағында орналасқан, бұл бір генді анықтау әдісі. Сонымен қатар, адамның шаруашылық гені β-актин ішкі реттелетін мақсатты ген болып табылады. Негізгі қоспа 20 мкл негізгі қоспа реагентін және 10 мкл экстракцияланған РНҚ үлгісін ұңғыма пластинасында араластыру арқылы дайындалады26. Күшейту және анықтау үшін ABI 7500 флуоресцентті сандық нақты уақыттағы ПТР құралы пайдаланылды. Барлық нуклеин қышқылын күшейту, әрбір талдау үшін ПТР жүргізу шарттары және нәтижелерді интерпретациялау тиісті өндірушінің нұсқауларына сәйкес орындалды (3-кесте).
Бұл салыстырмалы талдауда біз төрт талдау үшін пайыздық келісімді (оң, теріс және жалпы) және басқа салыстыру параметрлерін анықтау үшін анықтамалық стандарт әдісін пайдаланбадық. Әрбір сынақ салыстыру CRS көмегімен жасалды, бұл зерттеуде CRS «кез келген оң» ережесімен орнатылды және нәтиже бір сынақпен емес, анықталды, біз кем дегенде екі сәйкес сынақ нәтижесін қолдандық. Сонымен қатар, COVID-19 жұқтырған жағдайда жалған теріс нәтижелер жалған оң нәтижелерге қарағанда қауіптірек. Сондықтан, CRS нәтижесінен мүмкіндігінше «оң» деп айту үшін, кем дегенде екі талдау сынағы оң болуы керек, яғни EUA талдауынан кем дегенде бір оң нәтиже шығуы мүмкін. Осылайша, төрт сынақ нәтижесінің ішінде бірдей нәтиже беретін екі немесе одан да көп сынақ нәтижелері шынайы оң немесе теріс болып саналады18,27.
Деректер құрылымдық деректерді алу пішіндері арқылы жиналды, деректерді енгізу және талдау Excel статистикалық бағдарламалық құралын және сипаттамалық статистика үшін SPSS 23.0 нұсқасын пайдалану арқылы орындалды. Оң, теріс және жалпы пайыздық келісім талданып, әрбір әдістің CRS-пен келісу дәрежесін анықтау үшін Kappa баллы қолданылды. Kappa мәндері келесідей түсіндіріледі: жұмсақ келісім үшін 0,01-ден 0,20-ға дейін, жалпы келісім үшін 0,21-ден 0,40-қа дейін, орташа келісім үшін 0,41-0,60, үлкен келісім үшін 0,61-0,80 және толық келісім үшін 0,81-0,9928.
Этикалық рұқсат Аддис-Абеба университетінен алынды және осы зерттеуге арналған барлық эксперименттік хаттамаларды Эфиопия қоғамдық денсаулық сақтау институтының Ғылыми этиканы шолу кеңесі мақұлдады. EPHI этика лицензиясының анықтамалық нөмірі EPHI/IRB-279-2020. Барлық әдістер Эфиопияның COVID-19 емдеу жөніндегі ұлттық кешенді нұсқаулығының ұсыныстары мен ережелеріне сәйкес қолданылды. Сонымен қатар, зерттеуге қатысудың алдында барлық зерттеу қатысушыларынан жазбаша ақпараттандырылған келісім алынды.
Осы зерттеуде алынған немесе талданған барлық деректер осы жарияланған мақалаға енгізілген. Осы зерттеудің нәтижелерін растайтын деректер негізді сұрау бойынша тиісті автордан қол жетімді.
Дүниежүзілік денсаулық сақтау ұйымы. COVID-19 үшін зертханалық тестілеу стратегиялары бойынша ұсыныстар: Аралық нұсқаулық, 21 наурыз 2020 ж. № WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (ДДҰ, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 жедел жәрдем бөліміндегі смарт диагностикасы: Барлығы тәжірибеде. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 жедел жәрдем бөліміндегі смарт диагностикасы: Барлығы тәжірибеде.Мулиу, ДС, Пантазопулос, И. және Гургулианис, KI. Жедел жәрдем бөлімінде COVID-19 интеллектуалды диагностикасы: барлығы іс жүзінде.Мулиу Д.С., Пантазопулос И. және Гургулянис К.И. Жедел жәрдем бөлімдеріндегі COVID-19 интеллектуалды диагностикасы: тәжірибеде түпкілікті интеграция. Сарапшы Реверенд Респир. дәрі. 3, 263–272 (2022).
Митчелл, С.Л. және Сент Джордж, К. COVID19 ID NOW EUA талдауын бағалау. Митчелл, С.Л. және Сент Джордж, К. COVID19 ID NOW EUA талдауын бағалау.Митчелл, С.Л. және Сент Джордж, К. COVID19 ID NOW EUA талдауын бағалау.Mitchell SL және St. George K. COVID19 ID NOW EUA талдауын бағалау. J. Клиникалық. Вирус. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
ДДСҰ. 2019 жылғы коронавирустық ауруды (COVID-19) адам ауруына күдікпен зертханалық анықтау. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (қолжетімді 2020 ж. 15 тамыз) (ДДҰ, 2020).
Удугама, Б. және т.б. COVID-19 диагностикасы: аурулар және тестілеу құралдары. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. және т.б. Шығыс, Орталық және Оңтүстік Африка патологтары колледжінің құрылуы – Таяу Шығыс және Оңтүстік Африканың аймақтық патология мектебі. Африка. J. Lab. дәрі. 9(1), 1-8 (2020).
Эфиопия Қоғамдық денсаулық сақтау институты, Федералдық Денсаулық сақтау министрлігі. Уақытша ұлттық стратегия және COVID-19 зертханалық диагностикасы бойынша нұсқаулық. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Kaz.pdf (қолданылған 12 тамыз 2020 ж.) (EPHI, 2020).
Волошин, С., Пател, Н. және Кессельхайм, AS SARS-CoV-2 инфекциясының қиындықтары мен салдары үшін жалған теріс сынақтар. Волошин, С., Пател, Н. және Кессельхайм, AS SARS-CoV-2 инфекциясының қиындықтары мен салдары үшін жалған теріс сынақтар.Волошин С., Пател Н. және Кессельхайм AS SARS-CoV-2 инфекциясы және олардың салдары үшін жалған теріс сынақтар.Волошин С., Пател Н. және Кессельхайм AS арандатуға және SARS-CoV-2 инфекциясының әсеріне арналған жалған теріс сынақтар. N. ағылшын. J. Медицина. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Жалған-оң және жалған-теріс COVID-19 жағдайлары: тыныс алудың алдын алу және басқару стратегиялары, вакцинация және одан әрі перспективалар. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Жалған-оң және жалған-теріс COVID-19 жағдайлары: тыныс алудың алдын алу және басқару стратегиялары, вакцинация және одан әрі перспективалар. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные және ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторлық профилактика және стратегиялық лечения, вакцинация және дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI. Жалған оң және жалған теріс COVID-19 жағдайлары: тыныс алу жолдарының алдын алу және емдеу стратегиялары, вакцинация және алдағы жол.Muliu, DS және Gurgulianis, KI. COVID-19-ның жалған-оң және жалған-теріс жағдайлары: тыныс алу жолдарының алдын алу және емдеу, вакцинациялау және алдағы жол. Сарапшы Реверенд Респир. дәрі. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Төтенше жағдай бөліміндегі COVID-19 диагнозы: ағашты көріп, бірақ орманды жоғалту. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Төтенше жағдай бөліміндегі COVID-19 диагнозы: ағашты көріп, бірақ орманды жоғалту.Мулиу, Д.С., Иоаннис, П. және Константинос, Г. Жедел жәрдем бөліміндегі COVID-19 диагностикасы: ағашты қараңыз, орманды жоғалтыңыз.Мулиу ДС, Иоаннис П. және Константинос Г. Жедел жәрдем бөлмелеріндегі COVID-19 диагностикасы: ағаштар үшін орман жеткіліксіз. Пайда. дәрі. Дж. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Дегли-Анжели, Э. және т.б. Abbott RealTime SARS-CoV-2 талдауының аналитикалық және клиникалық өнімділігін тексеру және тексеру. J. Клиникалық. Вирус. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipur, M. & Aflatoonian, B. Кәдімгі RT-PCR арқылы вирус инфекциясын анықтау үшін COVID-19 әртүрлі геномдық аймағынан бес праймер жиынтығын салыстыру. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipur, M. & Aflatoonian, B. Кәдімгі RT-PCR арқылы вирустық инфекцияны анықтау үшін COVID-19 әртүрлі геномдық аймақтарының бес праймер жиынтығын салыстыру.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlipur, M. және Aflatunyan, B. Кәдімгі RT-PCR арқылы вирустық инфекцияны анықтау үшін COVID-19 геномының әртүрлі аймақтарындағы праймерлердің бес жиынтығын салыстыру. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlipur, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipur, M. & Aflatoonian, B. Кәдімгі RT-PCR арқылы вирустық инфекцияны анықтау үшін COVID-19 5 түрлі генетикалық аймақтарын салыстыру.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlipur M. және Aflatunyan B. Кәдімгі RT-PCR арқылы вирустық инфекцияны анықтау үшін COVID-19 геномының әртүрлі аймақтарындағы праймерлердің бес жиынтығын салыстыру.Иран. J. Микробиология. 12(3), 185 (2020 ж.).
Goertzer, I. et al. SARS-CoV-2 геномдық тізбектерін анықтауға арналған ұлттық сыртқы сапаны бағалау бағдарламасының алдын ала нәтижелері. J. Клиникалық. Вирус. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Ван, М. және т.б. Коронавирустың ауыр жедел респираторлық синдромы үшін бес RT-ПТР жинақтарының тиімділігін аналитикалық бағалау 2. J. Клиникалық. зертхана. анус. 35(1), e23643 (2021).
Ван Б. және т.б. Нақты уақыттағы полимеразды тізбекті реакцияға (ПТР) негізделген Қытайдағы жеті коммерциялық қол жетімді SARS-CoV-2 РНҚ анықтау жинағын бағалау. клиникалық. Химиялық. зертхана. дәрі. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Жеті коммерциялық RT-PCR COVID-19 диагностикалық жинақтарын салыстыру. J. Клиникалық. Вирус. 128, 104412 (2020 ж.).
Лу, Ю және т.б. SARS-CoV-2 нуклеин қышқылдарын анықтауға арналған екі ПТР жинағының диагностикалық көрсеткіштерін салыстыру. J. Клиникалық. зертхана. анус. 34(10), e23554 (2020).
Лефарт, PR, т.б. SARS-CoV-2 нуклеин қышқылын күшейту сынағы (NAAT) төрт платформасын салыстырмалы зерттеу ID NOW өнімділігі пациент пен үлгі түріне байланысты айтарлықтай төмендегенін көрсетті. диагноз. микробиология. Жұқтыру. дисс. 99(1), 115200 (2021).
Эбботт молекуласы. Эбботтың нақты уақыттағы SARS-CoV-2 талдау пакетінің қосымшасы. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (2020 жылғы 10 тамыздағы жағдай бойынша) (2020 ж.).
Klein, S. et al. RT-qPCR және RT-LAMP арқылы кең ауқымды жылдам анықтау үшін магниттік моншақтарды пайдаланып SARS-CoV-2 РНҚ оқшаулау. Вирус 12(8), 863 (2020).